この間、
立て続けにWordpressのプラグインをインストールしたり
テーマを修正してたりしてて不具合が2点あったのを修正。

1. LightBox 2 が動かない
→header.phpの中の使用していないJavascriptを削除したら治った。

2. 検索結果後のページナビリンクが不正
→以下のように修正

[修正前]

<div id="navlink"><?php echo paginate_links( array(
	'base' => trailingslashit(get_pagenum_link(1)) . '%_%',
	'format' => user_trailingslashit('page/%#%/', 'paged'),
	'total' => $wp_query->max_num_pages,
	'mid_size' => 3,
	'current' => ($paged ? $paged : 1),
	'prev_text' => 'prev',
	'next_text' => 'next',
)); ?></div>

[修正後]

<div id="navlink"><?php global $wp_rewrite;
$paginate_base = get_pagenum_link(1);
if (strpos($paginate_base, '?') || ! $wp_rewrite->using_permalinks()) {
	$paginate_format = '';
	$paginate_base = add_query_arg('paged', '%#%');
} else {
	$paginate_format = (substr($paginate_base, -1 ,1) == '/' ? '' : '/') .
	user_trailingslashit('page/%#%/', 'paged');;
	$paginate_base .= '%_%';
}
echo paginate_links( array(
	'base' => $paginate_base,
	'format' => $paginate_format,
	'total' => $wp_query->max_num_pages,
	'mid_size' => 5,
	'current' => ($paged ? $paged : 1),
	'prev_text' => 'prev',
	'next_text' => 'next',
)); ?></div>

参考
WP-PageNavi を使わずにナビゲーション表示